柯南与灰原哀终于联手破解了最后的谜团，案件的核心竟隐藏在兰的家族历史中。兰的父亲——青梅竹马的工藤新一之父工藤优作，曾因一起未解案件而备受质疑。然而，在柯南的推理下，真相逐渐浮出水面。原来，这起案件背后涉及国际犯罪组织的秘密交易，而兰的母亲为了保护家人，不得不隐忍多年。

随着真相的揭露，兰终于理解了母亲的选择，并对父亲的才华充满敬佩。与此同时，黑衣组织的幕后主脑也现身，与柯南展开了一场惊心动魄的对决。虽然最终正义得以伸张，但柯南却意识到，自己的侦探之路才刚刚开始。

故事以兰含泪微笑的画面结束，她相信新一终会归来。而柯南则站在窗边，凝视着夜空，心中默默许诺：无论未来多么艰难，他都会继续追寻真相。