农行ETC记账卡的扣费方式主要基于通行费的金额进行扣款。具体来说，在用户使用记账卡通行高速公路后，农行会直接从绑定的信用卡或储蓄卡中扣除相应的通行费金额。扣款流程如下：

1. 用户通过ETC车道时，车道会进行车牌识别并自动完成交易处理。系统会根据车辆行驶的距离和高速公司的收费标准计算通行费金额。

2. 对于记账卡用户，该金额将被暂时记录在系统中，等待后续扣费。系统会在用户还款时发送扣款指令，随后从绑定的信用卡或储蓄卡中自动扣收款项。这一扣款过程与银行信用消费扣款类似。

关于扣费时间，一般来说，ETC记账卡扣款时间会有所延迟，并非实时扣款。但具体扣款时间取决于用户绑定的信用卡发卡银行的规定。为了确保顺利扣款并避免逾期产生逾期费用，建议用户及时关注账户余额并按时还款。同时，为了避免因账户余额不足导致的无法扣款的情况，建议提前预存一定的金额在记账卡中。

以上信息仅供参考，具体扣费规则可能会因政策或其他原因有所调整。建议直接咨询农业银行客服获取最准确的扣费信息。