自营店和旗舰店的区别主要体现在以下方面：

1. 经营模式：自营店指的是商家自主经营和管理的店铺，所有商品均由商家自行采购、管理和销售。而旗舰店则主要是品牌方或者厂家直营的店铺，以品牌为主导，强调品牌的专属性和品牌形象。

2. 规模和数量：自营店由于其自主性和灵活性，数量和规模可能会更大，因为它们可以根据市场需求进行灵活的调整。相比之下，旗舰店的规模一般会相对较大，以展示品牌的实力和形象。

3. 商品来源：自营店的商品来源可能比较多样，商家会根据市场需求和利润考虑采购商品。而旗舰店的商品则主要来自品牌内部，由品牌方或者厂家直接供货，确保商品的品质和售后服务。

4. 销售目标：自营店的主要目标是利润最大化，会通过各种方式提高销售额。而旗舰店则更注重品牌建设，通过展示品牌形象、提供优质的服务和专业的产品知识来增强品牌影响力。

5. 商品价格：由于自营店需要承担采购、运营等成本，商品价格可能会有所不同。而旗舰店由于品牌的价值和定位，商品价格通常较为统一。

总的来说，自营店和旗舰店在经营模式、规模、商品来源、销售目标和商品价格等方面都存在差异。这些差异使得两者在市场竞争中各有优势，消费者可以根据自身需求和偏好选择合适的购物渠道。